Etiologi biasanya adalah virus walaupun infeksi bakteri dan protozoa dapat juga terjadi. Infeksi virus antara lain disebabkan oleh virus Norwalk, rotavirus (muncul pada saat muslin dingin), enterovirus (muncul pada saat musim panas), koronavirus, dan adenovirus. Infeksi bakteri ditandai dengan adanya hematokezia atau adanya mukus di dalam tinja dan disebabkan infeksi oleh Salmonella, Shigella, Campy/Owlet; Yersinia. Escherichia coli patogen, dan spesies Clostridium difficile dapat menyebabkan kolitis pseudomembranosa yang menimbulkan nyeri abdomen dan diare. terutama setelah pernakaian antibiotik. Giardia lamblia dan Coptosporidium adalah parasit yang menyebabkan wabah di tempat perawatan. Giardia juga ditemukan di air sumur yang tercemar.
Jika tinja positif heme atau mengandung mukus maka sebaiknya dieurigai penyebabnya adalah bakteri dan dilakukan pemeriksaan biakan bakteri. Bila pasien dicurigai menderita kolitis C. difficile, sebaiknya tinja dianalisis untuk menemukan toksin C. Akhirnya, jika diduga ada infeksi protozoa, sebaiknya paling sedikit diambil tiga kali pemeriksaan tinja terhadap telur cacing dan parasit, dengan sampel yang diambil setiap dua hari sekali.
Gastroenteritis virus biasanya merupakan penyakit yang sembuh spontan, berlangsung 2-5 hari, dan tidak memerlukan perawatan rumah sakit kecuali terjadi dehidrasi yang signifikan. Anak sering menunjukkan gejala kram perut muntah, dan buang air besar cair 6-10 kali sehari. Walaupun dapat ditemukan darah di tinja pada gastroenteritis virus, tempi lebih mungkin merupakan enteritis bakterial. Hematemesis (mengandung darah) dapat terjadi jika muntah berlangsung hebat. Pada pemeriksaan, abdomen biasanya tidak mengalami peregangan dan lunak, dengan nyeri yang difus. Bising usus biasanya hiperaktif.
Pemeriksaan laboratorium di rekomendasikan hanya untuk anak yang memiliki tanda dehidrasi sedang sampai berat. Hasil pemeriksaan elektrolit dapat menunjukkan hiponatremia atau hipernatremia dan asidosis yang signifikan, terutama jika diare berkepanjangan. Hitung darah lengkap dapat memperlihatkan hemokonsentrasi yang juga memperkuat keadaan dehidrasi. Jika pasien dirawat selama musim dingin dan dicurigai akibat rotavirus maka uji diagnostik cepat untuk mengetahui adanya virus ini penting dilakukan untuk mengontrol infeksi.
Pengobatan
Terapi rehidrasi oral merupakan pengobatan utama pada sebagian besar anak dengan gastroenteritis akut dan sebaiknya terdiri atas larutan elektrolit/glukosa seimbang seperti Pedialyte atau Ricelyte dengan pemberian kembali makanan padat secara dini. Bayi yang menyusui sebaiknya didorong untuk melanjutkan menyusui kecuali jika asupan makanan kurang. Pada bayi yang diberi susu formula disarankan untuk meningkatkan pemberian secara bertahap dari larutan rehidrasi oral ke susu formula encer dan akhirnya susu formula normal, walaupun masih terdapat perdebatan mengenai perlu tidaknya tindakan ini. Penggunaan “cairan jernih” secara kebetulan masih dipertanyakan karena banyak cairan pada kategori ini tidak fisiologis dan mengandung gula dalam jumlah berlebihan serta kandungan elektrolitnya kurang atau berlebihan. Pasien yang mengalami dehidrasi sedang sampai berat memerlukan terapi cairan intravena mula-mula dengan 20 ml/kg larutan salin normal, kemudian sering dilakukan penilaian ulang. Pemberian berbagai obat antiemetik dan antidiare tidak memperlihatkan manfaat yang jelas dan mengandung risiko. Oleh karena itu, obat yang mengontrol gejala muntah dan diare sebaiknya di hindari.